工商總局與稅務總局多次聯合發文明確企業注銷應當出具清稅證明，國家稅務總局也曾單獨發文明確出具清稅證明的相關程序。
大部分稅務機關已經按照稅總局要求，為企業開具清稅證明，但仍有一些地方稅務機關以未登記為由不予出具清稅證明，僅出具“未登記證明”，“稅務事項通知書”等不規范文書。致使企業無法順利注銷。一些地方的工商登記機關出于服務企業的想法，也未堅持原則，錯誤地以不規范文書為企業注銷，造成了很大的行政風險。
在企業清稅和注銷過程中，兩部門應當對以下幾點有清晰的認識：
一、違反文件規定辦理會帶來履職風險。
對工商登記機關來說。缺少“清稅證明”辦理注銷是違反《材料規范》的原則性問題，基層登記機關無權對《材料規范》做出修改或擅自解釋。對于稅務機關來說。依據國家稅務總局相關文件，企業領取一照一碼營業執照后，無需再次進行稅務登記。出具“未登記證明”，或以未登記的理由不予清稅都是有違稅總局要求的。
二、不存在“一照一碼”的未登記企業。
改革實施后，多證已經合一，領取營業執照后即完成稅務登記，不需要再次到稅務機關辦理登記。
三、依法受理清稅是稅務機關的義務。
稅總函[2015]482號文件規定：已實行“三證合一、一照一碼”登記模式的企業辦理注銷登記，須先向稅務主管機關申報清稅。企業可向國稅、地稅任何一方稅務主管機關提出清稅申報。清稅完畢后由受理稅務機關向納稅人統一出具《清稅證明》。
四、應按既定的樣式開具“清稅證明”。
兩總局聯合發文的147號文規定，已實行“三證合一 一照一碼”登記模式的企業辦理注銷登記，申請人應持稅務機關出具的《清稅證明》，向企業登記機關申請辦理注銷登記。
文件附件1規定了“清稅證明”的樣式如下。
五、符合簡易注銷條件的企業申請注銷無需清稅證明。
目前，簡易注銷已經廣泛實施，各省也出臺了相應的辦法，對符合條件的企業注銷可不需清稅證明，這是簡政放權，優化服務的一大進步。
但是，對不符合簡易注銷條件，沒有自主申請簡易注銷的企業，工商機關和稅務機關都應嚴格執行上級文件，不能簡單的用“未登記證明”或“稅務事項通知書”代替“清稅證明”來完成注銷登記，更不能免予提交。
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